1、投入成本
一般APP开发的费用根据功能需求不同从几千到几十万不等，普遍认为费用太高。尽管微网站开发成本较低，但由于当前微信没有应用商店那样的推荐机制，开发者如果不主动推广，那么用户唯一获知该公众账号的途径就是在微信内自行搜索关键词和朋友圈推荐。但大多公众账号很难通过“搜索”这单一的途径脱颖而出。那势必要投入更多的推广费用，花费大量的人力，物力，财力，综合下来，费用远远高于APP的发展费用。然而，微信是个很封闭的交友平台，纵使你发展了很多粉丝，这些粉丝也未必会给你的业务买单。
2、开发周期
APP开发周期跟微网站的开发周期相比，确实要多了很多，但是随着移动互联网的技术越来越纯熟，目前很多APP厂商都形成自己的模版库，一般企业通用的功能，只要直接使用模版套用，10分钟就可以轻松制作一个专属于商家自己的APP了。
3、使用功能
微网站从功能上直白点解释就是直接做一个功能列表，多数功能与想要展示的网站页面做一个链接即可。所以微网站比APP的主要功能存在很多局限性。比如说APP安装后会在手机屏幕上显示，而微信订阅号或服务号只能放在微信的二级类目下，展现机会少。
在微信几十万的订阅号和服务号中，商家很难找到自己的目标客户群体!且微信的功能更多偏向娱乐性，而企业APP能加入相当丰富的功能，比如企业形象、商品展示、定位导航、在线支付、在线客服、积分系统、优惠券系统、会员管理、优惠活动、一键拨号、微博/微信/QQ空间分享发布、消息推送、短信邀请以及栏目个性设置等等。可以说，微网站能做到的功能，APP完全可以实现，但APP能实现的功能，微网站未必可以实现。
由于开发者采取基于浏览器的HTML5方式制作公众账号，体验者第一感觉是主界面被包裹在微信的框架之内，而且微信的一些固有框架设置与应用自身所需体验产生冲突。例如有时微信的“返回”键和应用内的“返回”键会互相干扰;一些“周边路况”公众账号虽可在微信浏览器上展现地图，但在进行语音导航时，却还是要外链到原生APP中才能实现。
微信作为一款必须在线的应用，在一些信号不好的地方，一些APP支持的离线功能无法实现：“例如旅游、导航应用内往往允许使用者离线下载目的地的地图，你去黄山前下好周边信息，到了山上即使信号很差也可以查看，但微信当前就做不到。”
4、宣传推广
大多公众账号都是在微博上发布账号名称、二维码等，希望将自己的微博粉丝“搬家”过来，但由于微博粉丝水份较大，转化率一般。自己还会去一些对口的论坛发帖推广，但容易被版主认为是广告帖而加以限制。
APP显示方式更自由，公众账号受框架限制，不久前，曾有人喊出，由于微信，“未来将有一半以上的APP死去”。支持者认为，微信的高交互性将使这一判断成为现实，而反对者则认为，微信现在平台根本无法完全替代APP。
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