在浏览器请求test.php会提示如下的错误信息：
Warning: SAFE MODE Restriction in effect. The script whose uid/gid is 33/33 is not allowed to access ./index.html owned by uid/gid 0/0 in /var/www/test.php on line 1
如果被操作文件所在目录的UID和脚本UID一致，那么该文件的UID即使和脚本不同也可以访问的，不知这是否是PHP的一个漏洞还是另有隐情。所以php脚本属主这个用户最好就只作这个用途，绝对禁止使用root做为php脚本的属主，这样就达不到safe_mode的效果了。
如果想将其放宽到GID比较，则打开 safe_mode_gid可以考虑只比较文件的GID，可以设置如下选项：
safe_mode_gid = On
设置了safe_mode以后，所有命令执行的函数将被限制只能执行php.ini里safe_mode_exec_dir指定目录里的程序，而且shell_exec、`ls -l`这种执行命令的方式会被禁止。如果确实需要调用其它程序，可以在php.ini做如下设置：
safe_mode_exec_dir = /usr/local/php/exec
然后拷贝程序到该目录，那么php脚本就可以用system等函数来执行该程序。而且该目录里的shell脚本还是可以调用其它目录里的系统命令。
safe_mode_include_dir string
当从此目录及其子目录（目录必须在 include_path 中或者用完整路径来包含）包含文件时越过 UID/GID 检查。
从 PHP 4.2.0 开始，本指令可以接受和 include_path 指令类似的风格用分号隔开的路径，而不只是一个目录。
指定的限制实际上是一个前缀，而非一个目录名。这也就是说“safe_mode_include_dir = /dir/incl”将允许访问“/dir/include”和“/dir/incls”，如果它们存在。如果您希望将访问控制在一个指定的目录，那么请在结尾加上一个斜线，例如：“safe_mode_include_dir = /dir/incl/”。
safe_mode_allowed_env_vars string
设置某些环境变量可能是潜在的安全缺口。本指令包含有一个逗号分隔的前缀列表。在安全模式下，用户只能改变那些名字具有在这里提供的前缀的环境变量。默认情况下，用户只能设置以 PHP_ 开头的环境变量（例如 PHP_FOO = BAR）。
注: 如果本指令为空，PHP 将使用户可以修改任何环境变量！
safe_mode_protected_env_vars string
本指令包含有一个逗号分隔的环境变量的列表，最终用户不能用 putenv() 来改变这些环境变量。甚至在 safe_mode_allowed_env_vars 中设置了允许修改时也不能改变这些变量。
虽然safe_mode不是万能的（低版本的PHP可以绕过），但还是强烈建议打开安全模式，在一定程度上能够避免一些未知的攻击。不过启用safe_mode会有很多限制，可能对应用带来影响，所以还需要调整代码和配置才能和谐。被安全模式限制或屏蔽的函数可以参考PHP手册。
讨论完safe_mode后，下面结合程序代码实际可能出现的问题讨论如何通过对PHP服务器端的配置来避免出现的漏洞。
2、变量滥用
PHP默认register_globals = On，对于GET, POST, Cookie, Environment, Session的变量可以直接注册成全局变量。它们的注册顺序是variables_order = "EGPCS"（可以通过php.ini修改），同名变量variables_order右边的覆盖左边，所以变量的滥用极易造成程序的混乱。而且脚本程序员往往没有对变量初始化的习惯，像如下的程序片断就极易受到攻击：
//test_1.php
if ($pass == "hello")
$auth = 1;
if ($auth == 1)
echo "some important information";
else
echo "nothing";
?>
攻击者只需用如下的请求就能绕过检查： http://victim/test_1.php?auth=1
这虽然是一个很弱智的错误，但一些著名的程序也有犯过这种错误，比如phpnuke的远程文件拷贝漏洞：http://www.securityfocus.com/bid/3361
PHP-4.1.0发布的时候建议关闭register_globals，并提供了7个特殊的数组变量来使用各种变量。对于从GET、POST、COOKIE等来的变量并不会直接注册成变量，必需通过数组变量来存取。PHP-4.2.0发布的时候，php.ini默认配置就是register_globals = Off。这使得程序使用PHP自身初始化的默认值，一般为0，避免了攻击者控制判断变量。
解决方法：
配置文件php.ini设置register_globals = Off。
要求程序员对作为判断的变量在程序最开始初始化一个值。
3、文件打开
极易受攻击的代码片断：
//test_2.php
if (!($str = readfile("$filename"))) {
echo("Could not open file: $filename
\n");
exit;
}
else {
echo $str;
}
?>
由于攻击者可以指定任意的$filename，攻击者用如下的请求就可以看到/etc/passwd： http://victim/test_2.php?filename=/etc/passwd
如下请求可以读php文件本身： http://victim/test_2.php?filename=test_2.php
PHP中文件打开函数还有fopen(), file()等，如果对文件名变量检查不严就会造成服务器重要文件被访问读取。
解决方法：
如非特殊需要，把php的文件操作限制在web目录里面。以下是修改apache配置文件httpd.conf的一个例子：
php_admin_value open_basedir /usr/local/apache/htdocs
重启apache后，/usr/local/apache/htdocs目录下的PHP脚本就只能操作它自己目录下的文件了，否则PHP就会报错：
Warning: open_basedir restriction in effect.
File is in wrong directory in xxx on line xx.
使用safe_mode模式也能避免这种问题，前面已经讨论过了。
4、包含文件
极易受攻击的代码片断：
//test_3.php
if(file_exists($filename))
include("$filename");
?>
由于程序没有过滤$a_query变量，所以攻击者可以用分号来追加执行命令。
攻击者输入如下请求可以执行cat /etc/passwd命令： http://victim/test_6.php?a_query=www.example.com;cat /etc/passwd
PHP的命令执行函数还有system(), passthru(), popen()和``等。命令执行函数非常危险，慎用。如果要使用一定要严格检查用户输入。
解决方法：
要求程序员使用escapeshellcmd()函数过滤用户输入的shell命令。
启用safe_mode可以杜绝很多执行命令的问题，不过要注意PHP的版本一定要是最新的，小于PHP-4.2.2的都可能绕过safe_mode的限制去执行命令。
7、sql_inject
如下的SQL语句如果未对变量进行处理就会存在问题：
select * from login where user='$user' and pass='$pass'
攻击者可以用户名和口令都输入1' or 1='1绕过验证。
不过幸亏PHP有一个默认的选项magic_quotes_gpc = On，该选项使得从GET, POST, COOKIE来的变量自动加了addslashes()操作。上面SQL语句变成了：
select * from login where user='1\' or
1=\'1' and pass='1\' or 1=\'1'
从而避免了此类sql_inject攻击。
对于数字类型的字段，很多程序员会这样写：
select * from test where id=$id
由于变量没有用单引号扩起来，就会造成sql_inject攻击。幸亏MySQL功能简单，没有sqlserver等数据库有执行命令的SQL语句，而且PHP的mysql_query()函数也只允许执行一条SQL语句，所以用分号隔开多条SQL语句的攻击也不能奏效。但是攻击者起码还可以让查询语句出错，泄漏系统的一些信息，或者一些意想不到的情况。
解决方法：
要求程序员对所有用户提交的要放到SQL语句的变量进行过滤。
即使是数字类型的字段，变量也要用单引号扩起来，MySQL自己会把字串处理成数字。
在MySQL里不要给PHP程序高级别权限的用户，只允许对自己的库进行操作，这也避免了程序出现问题被 SELECT INTO OUTFILE ... 这种攻击。
8、警告及错误信息
PHP默认显示所有的警告及错误信息：
error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE
display_errors = On
在平时开发调试时这非常有用，可以根据警告信息马上找到程序错误所在。
正式应用时，警告及错误信息让用户不知所措，而且给攻击者泄漏了脚本所在的物理路径，为攻击者的进一步攻击提供了有利的信息。而且由于自己没有访问到错误的地方，反而不能及时修改程序的错误。所以把PHP的所有警告及错误信息记录到一个日志文件是非常明智的，即不给攻击者泄漏物理路径，又能让自己知道程序错误所在。
修改php.ini中关于Error handling and logging部分内容：
error_reporting = E_ALL
display_errors = Off
log_errors = On
error_log = /usr/local/apache/logs/php_error.log